Schon Irenäus von Lyon und Tertullian erwähnen Stephanus‘ Martyrium, Augustinus preist seine Kraft, den Mördern zu vergeben. Stephanus wurde im Osten ab dem 4. Jahrhundert, im Westen seit dem 6. Jahrhundert verehrt. Reliquien kamen nach Menorca, Augustinus berichtete von Wundern an Reliquien in Afrika und in Ancona. Eine Hand gelangte 428 nach Byzanz, Pulcheria ließ dafür eine Kapelle innerhalb des Palastes bauen. Die Legenden erzählen, wie Eudoxia, die Tochter des Kaisers Theodosius, schwer von Dämonen besessen wurde, die ihr andeuteten, nur Stephanus könne sie heilen. Ihr Vater ließ Eudoxia nach Konstantinopel kommen, dort forderte der böse Geist die Überführung der Gebeine des Stephanus nach Rom, was 425 ausgeführt wurde, worauf ihre Heilung erfolgte.
Durch Galla Placidia kam der Kult nach Ravenna und Rimini, unter Bischof Martinian um 431 nach Mailand, dann nach Bologna und Verona. In Rom wurde die erste Stephanus-Kirche, S. Stefano Rotondo, Mitte des 5. Jahrhunderts erbaut und dann von Papst Simplicius geweiht. Papst Pelagius II. ließ um 585 Stephanus‘ Gebeine aus Konstantinopel – dem heutigen Ístanbul – nach Rom bringen und in der Krypta von S. Lorenzo fuori le Mura neben dem Leichnam von Laurentius bestatten, worauf dessen Leichnam zur Seite gerückt sei, um seinem Vorbild Stephanus Platz zu machen. Ein Mosaik der unter Papst Pelagius II. erweiterten Kirche stellt Stephanus mit Pelagius, Laurentius mit Hippolytus dar. Stephanus und Laurentius gelten als die Stadtpatrone von Rom, seitdem wurden die beiden Erzdiakone und Erzmärtyrer häufig zusammen dargestellt. Sie gehörten zu den im Mittelalter am meisten verehrten Märtyrern.
In Gallien ist die Kathedrale von Arles aus dem Jahr 449 ein erster Beleg der Verehrung; Gregor von Tours berichtete von Wundern, Stephanus wurde Patron von 21 Kathedralen in Gallien. 980 kamen aus Metz Kleidungsteile nach Halberstadt. Die Stadt Mainz kam gegen Ende des ersten Jahrtausends von Straßburg aus in den Besitz von Reliquien; Erzbischof Willigis gründete das St. Stephansstift auf dem höchsten Punkt der Stadt. Die Verehrung breitete sich rasch weiter aus. Von Passau aus ging sie nach Osten und die Donau entlang, wovon der Stephansdom in Wien und der Stephanuskult in Ungarn Zeugnis ablegen. Im Mittelalter förderten besonders die deutschen sowie die ungarischen Könige und Kaiser seinen Kult.
Der Stephanus-Tag wurde schon seit der Einführung des Weihnachtsfestes als Fest am Tag nach dem Fest der Geburt Jesu begangen, wodurch die Freude über die Geburt und die Trauer über die Bedrohtheit des Lebens ganz nahe zusammen gesehen wurden. Möglicherweise durch Verdrängung eines heidnischen Winterfestes wurde Stephanus Patron der Pferde und des Gedeihens in Feld und Haus. Pferde werden in seinem Namen gesegnet; am Stephanstag wechselten Pferdeknechte und Kutscher ihren Arbeitgeber. Am Stephanus-Tag wurde in den Kirchen ein Kelch mit Rotwein, in dem ein Stein versenkt war, gesegnet; der Rotwein erinnerte an das vergossene Blut, der Stein an die Art des Martyriums; dieser gesegnete Wein wurde dann bei vielen Krankheiten als Heilmittel verwendet, er trägt die weinrechtlich offizielle Bezeichnung „Stefaniwein“ oder „Stefanilese“. An Arme wurde am Stephanstag Brot ausgeteilt, womit die ursprüngliche Tätigkeit der Diakone nachvollzogen wurde. Kinder zogen singend von Haus zu Haus und baten um Gaben, dieser Brauch ist dann auf Epiphanias übergegangen. Das früher reiche Brauchtum ist heute weitgehend vergessen.
Seit 2003 ruft die Deutsche Bischofskonferenz der Katholiken dazu auf, den Tag als Fürbittetag für Verfolgte Christen heute
zu begehen.
Attribute: als Diakon, Steine
Patron von Rom und Beckum im Münsterland; der Pferde, Pferdeknechte, Kutscher, Steinhauer, Maurer, Zimmerleute, Weber, Schneider, Böttcher und Küfer; gegen Besessenheit, Steinleiden, Seitenstechen und Kopfweh; für einen guten Tod; des Bistums Wien