Auf seiner dritten Reise nach Rom 737/738 erlangte Bonifatius die Funktion eines päpstlichen Gesandten. Nun begann er seine Missionstätigkeit auch in Bayern und Sachsen, unter anderen reorganisierte er 739 die Bistümer Salzburg, Passau, Regensburg und Freising – in der Überlieferung wird er oft sogar als deren Gründer
bezeichnet. Dank der tätigen Unterstützung des Hausmeiers Karlmann vermochte er die Bistümer Würzburg, Büraburg, beim heutigen Fritzlar-Ungedanken und Erfurt einzurichten. Durch seine Verbindungen, einerseits nach Rom, andererseits zu den Karolingern, gehörte er zu jenen, die mithalfen, das Papstum aus seinen byzantinischen Bindungen zu lösen und enger in die Entwicklung in Mitteleuropa einzubinden. 744 gründete er sein Lieblingskloster Fulda, 747 wurde er Bischof von Mainz – die Erhebung zum Erzbistum erreichte erst Bonifatius‘ Nachfolger Lullus.
Nach dem Concilium Germanicum vom April 742, der ersten SynodeSynode (altgriech. für „Zusammenkunft”) bezeichnet eine Versammlung in kirchlichen Angelegenheiten. In der alten Kirche wurden „Konzil” und „Synode” synonym gebraucht. In der römisch-katholischen Kirche sind Synoden Bischofsversammlungen zu bestimmten Themen, aber mit geringerem Rang als Konzile. In evangelischen Kirchen werden nur die altkirchlichen Versammlungen als Konzile, die neuzeitlichen Versammlungen als Synode bezeichnet. im Teilreich von Karlmann, folgte in seinem Gebiet im März 743 die Synode von Estinnes und im März 744 die Synode von Soissons im Teilreich von Pippin dem Jüngeren. Im Frühjahr 745 fand – wahrscheinlich in Mainz – eine Gesamtfränkische Synode unter Vorsitz der beiden Hausmeier statt. Diese Synoden legten die grundlegende Vorschriften kirchlicher Zucht und christlichen Lebens fest: die Stellung und die Pflichten des Bischofs, Standesethos und Verhalten des Klerus, Regelung der Beanspruchung kirchlicher Güter zur Sicherung der Herrschaft der Karolinger, die Abkehr von heidnischen Bräuchen oder Fragen des kirchlichen Eherechts.
Lebensbeschreibungen berichten von Bonifatius‘ Beziehungen zu Karl Martell und dessen Sohn Karlmann. Als Karlmann Ende des Jahres 747 abdankte und Mönch in Italien wurde, wurde Karl Martells anderer Sohn, Pippin der Jüngere (der Kleine
), 751 König im Frankenreich; damit schwand Bonifatius‘ Einfluss. Die sich formierende Opposition gab die traditionellen Bischofsstühle nicht frei. Bonifatius wirkte trotz der Widerstände des Adels weiter, versammelte gelehrte Medizinmeister aus Hibernia
(Irland) für das von Krankheiten geplagte Volk um sich. Als seine besonderen Mitarbeiter werden Burkhard, Willibald, Wunibald, Sturmius, Lullus, Megingaud, Wigbert und Gregor sowie die Frauen Lioba und Walburga genannt. Mit Genehmigung durch Pippin setzte er Mitarbeiter als Bischöfe ein: 741 in Würzburg, Büraburg, 742 in Erfurt und 745 in Eichstätt, ein. Mit ihnen bewirkte er die kirchliche Organisation, auf der Karl der Große dann die staatliche aufbauen konnte.
Das Bündnis zwischen den Karolingern und Bonifatius musste sich augrund der Widerstände des Adels gegen Bonifatius lockern, weil Pippin III. seine Herrschaft ausweiten und zum Königtum steigern wollte. Bonifatius konnte im März 747 noch an einer SynodeSynode (altgriech. für „Zusammenkunft”) bezeichnet eine Versammlung in kirchlichen Angelegenheiten. In der alten Kirche wurden „Konzil” und „Synode” synonym gebraucht. In der römisch-katholischen Kirche sind Synoden Bischofsversammlungen zu bestimmten Themen, aber mit geringerem Rang als Konzile. In evangelischen Kirchen werden nur die altkirchlichen Versammlungen als Konzile, die neuzeitlichen Versammlungen als Synode bezeichnet. in Austrasien teilnehmen. 748 berief Pippin III. selbst ein Konzil ein, das jedoch nicht stattfand; er wandte sich nun auch in kirchenrechtlichen Fragen direkt an den Papst, der Bonifatius nur noch von seiner Antwort unterrichtete. Bonifatius war beiseite geschoben; doch sein Werk hatte Wurzeln geschlagen, die karolingischen Herrscher führten sein Reformwerk weiter, Pippin III. knüpfte den weltgeschichtlich bedeutsamen Bund mit dem Papsttum.
Bonifatius konnte jetzt nicht einmal in dem ihm als Bischofssitz angewiesenen Mainz sicher sein, dass er dort einen seiner Schüler als Nachfolger einsetzen kann. 751 entzog er deshalb sein Kloster Fulda mit Hilfe eines päpstlichen Privilegs der Organisation der fränkischen Kirche. Pippin III. verbündete sich dann direkt mit Papst Stephan II. (III.), der ihn 754 * als König salbte, und entmachtete Karlmann.
Am Ende seines Lebens machte Bonifatius sich 753 noch einmal mit einigen Gefährten, darunter Adalar, Eoban, Hildebrand und == Ferdinand, zur Friesenmission auf. Als er bei Dokkum in Westfriesland am Pfingstfest 754 (oder 755) eine große Tauffeier abhalten wollte, wurde er von beutegierigen Räubern überfallen und samt seinen Begleitern und über 50 weiteren Gefährten erschlagen.
Bonifatius‘ Leichnam – zunächst in Utrecht aufbewahrt -, wurde dann nach Mainz gebracht, schließlich von Lullus – dem Wunsch des Toten entsprechend – nach Fulda übertragen, die Grabstätte wurde zu einem berühmten Wallfahrtsort. Bonifatius band die fränkische Kirche an die römischen Normen; als Organisator wurde er einer der Baumeister des Abendlandes hinein; als Missionar schloss er lediglich noch eine Lücke im Grenzgebiet Hessen/Thüringen. Sein Ehrenname Apostel der Deutschen
bezeichnet deshalb weniger den Missionar als den Organistor Bonifatius.
Die jährliche Wallfahrt zum Fuldaer Dom bewahrt dem Gründervater des Klosters, der Keimzelle der späteren Stadt Fulda, ein ehrendes Andenken. 1867 kamen die deutschen katholischen Bischöfe hier zum ersten Mal zu einer Konferenz zusammen, bis heute findet die Konferenz jedes Jahr im Herbst in Fulda statt; beim feierlichen Schlussgottesdienst im Dom werden die Bischöfe dann jeweils einzeln mit der Bonifatius-Reliquie gesegnet. Das bisher in den deutschen Diözesen unterschiedlich begangene Gedächtnis des Bonifatius ist 2005 einheitlich für alle deutschen Diözesen in den Rang eines Festes erhoben worden.
Kanonisation: Papst Pius IX. genehmigte 1855 die Verehrung von Bonifatius.
Attribute: Eiche und Axt, Fuchs, Rabe, Peitsche, Schwert
Patron von England und Thüringen; der Bierbrauer, Feilenmacher und Schneider; der Bistümer Fulda, Erfurt und Groningen in den Niederlanden; Mitpatron des Bistums Haarlem in den Niederlanden